熊本県立総合体育館をスムーズに利用するためには、「専用利用（団体貸切）」と「個人利用（一般開放）」の明確なシステムの違いを理解しておく必要があります。初めて訪れる利用者が最もつまずきやすいのがこの分岐点です。
大アリーナや中アリーナ、会議室などを団体で貸し切る場合、熊本市・熊本県共通の施設予約システムであるひごまるコール（施設予約システム）を経由します。事前に利用者登録を済ませた上で、利用希望月の前月初旬に行われる抽選申し込みに参加し、確定後に本申請と使用料納付を行う流れです。土日祝日や大会シーズンは地域の競技連盟や学校部活動の予約で数カ月先まで埋まるケースが多いため、早めのスケジュール確認が欠かせません。
対照的に、日々の健康づくりを目的としたトレーニング室や温水プール、卓球・バドミントン等の一般開放枠は、予約不要で当日窓口の自動券売機にて利用券を購入するだけで入場できます。ただし、アリーナや武道場・弓道場の一般開放スケジュールは、大会や専用利用の予定によって日ごとに変動します。遠方から足を運ぶ際は、公式サイトに毎月掲載される月間行事予定表を事前に確認しておくのが失敗を防ぐ防壁となります。
