進学先を検討するうえで学費のシミュレーションは欠かせません。別府溝部学園短期大学の納付金は、学科によって若干異なるものの、初年度納付金はおおむね110万〜125万円前後（入学金、授業料、施設設備費、実習費等を含む）となっています。これは全国の私立短期大学の平均的な水準に位置しています。
さらに、経済的負担を軽減するための支援策が複数用意されている点も見逃せません。
まず、国の「高等教育の修学支援新制度（給付型奨学金＋授業料減免）」の対象校に認定されているため、世帯収入基準を満たす世帯であれば大幅な減免措置が受けられます。加えて、学園独自の奨学金制度や特待生制度（成績優秀者や特定の資格保有者を対象とした学費免除）、遠隔地からの入学者をサポートする支援枠など、複数のセーフティネットが整備されています。
