事件の発覚後、当事者たちおよび所属機関には極めて重い社会的ペナルティが科されることとなりました。関係各所が下した処分と対応の詳細は以下の通りです。
最も大きな注目を集めた岐阜市立女子短期大学では、関与した学生6名に対して停学処分などの学内処分が下されました。さらに事態を重く見た当時の学長らは、自らイタリア・フィレンツェへ飛び、大聖堂の管理責任者であるオペラ・ディ・サンタ・マリア・デル・フィオーレ（大聖堂付属美術館）を訪問。深甚なる謝罪を表明するとともに、落書きの修復費用として寄付金を直接手渡しました。
一方、高校の野球部監督であった男性教員は、生徒を指導する立場にありながら自ら大聖堂に落書きを行っていたことが判明し、激しい世論の批判を浴びました。結果として監督職の解任および停職処分を受け、最終的に辞任へと追い込まれています。京都産業大学の学生らに対しても厳重訓告や社会奉仕活動などの処分が課され、当事者たちは実名流出や激しいバッシングを含め、甚大な代償を支払うことになりました。
