組織の象徴であり、数々の過激行動を主導してきた創設者のポール・ワトソンですが、近年は深刻な司法リスクに直面しています。2026年7月、ワトソンはデンマーク自治領グリーンランドのヌーク港に寄港した際、地元警察によって身柄を拘束されました。
この逮捕は、日本政府（海上保安庁）が2010年に日本の調査捕鯨船「第2昭南丸」へ活動家を不法侵入させ、船員に傷害を負わせた容疑などで国際刑事警察機構（ICPO）を通じて出していた国際手配（赤色手配書）に基づくものです。長年にわたり国際社会の法網をすり抜けてきた首謀者が、ついに法の裁きを受ける局面に立たされました。
ワトソンはシーシェパード本体を追放された後、自身の名を冠した「キャプテン・ポール・ワトソン財団（CPWF）」を立ち上げ、再び日本が新造した捕鯨母船「関鯨丸」の妨害を企てて北極海を航行中でした。身柄引き渡しを巡っては欧米の一部セレブや環境活動家が釈放運動を展開するなど政治問題化の様相を呈していますが、日本側は法に基づき厳正な処罰を求め続けています。
