いくら体に良いとはいえ、ただ混ぜて食べればいいというわけではない。専門家は、いくつかの注意点を指摘している。最も避けるべきは、加熱した納豆に冷たいヨーグルトを合わせることだ。納豆菌自体は熱に強いが、ヨーグルトに含まれる乳酸菌は熱に非常に弱い。せっかくの生きた菌が死滅してしまっては、相乗効果は半減してしまう。
また、味のバランスも重要だ。初心者におすすめなのは、「納豆1パックに対して、無糖ヨーグルト大さじ2杯」の割合。これに少量の醤油やハチミツ、あるいはオリーブオイルを数滴垂らすことで、納豆の独特の臭みがヨーグルトの酸味でマイルドになり、驚くほど食べやすくなる。最初は抵抗があるかもしれないが、一度試すと病みつきになる人が多いのも頷ける。