充実した展示規模に対して、入館料が非常にリーズナブルな点も名古屋市科学館の大きな魅力です。通常料金は、展示室のみで大人400円、プラネタリウムを含む展示室セット券でも大人800円、中学生以下は無料という破格の設定が維持されています。
さらにお得に入館したい方は、各種の料金割引制度をチェックしておきましょう。名古屋市交通局が発行する「ドニチエコきっぷ」や「地下鉄全線24時間券」などの一日乗車券をチケット窓口で提示すると、展示室・プラネタリウムセット料金が100円引き（大人700円）で利用できます。
なお、年に数回以上訪れるリピーターであれば、購入日から1年間有効な「定期観覧券（年間パスポート）」の購入も視野に入ります。プラネタリウムを含む年パスでも大人3,200円となっており、年4回以上の来館で元が取れる計算です。
