事故原因の根幹をなすのは、事故から7年前の1978年に伊丹空港で発生した尻もち事故後の補修作業だ。ボーイング社による後部圧力容器の修理において、マニフェスト通りのつなぎ板（スプライス・プレート）が適切に使用されず、2列の金属板に切断された状態で施工されていた。この施工不良により、金属疲労の進行速度が想定の数倍に跳ね上がったとされる。
当時、国の運輸省航空事故調査委員会（現在の運輸安全委員会）は膨大な金属破片の回収と解析を行い、公式報告書をまとめた。しかし、アメリカ側の調査主体であるNTSB（国家運輸安全委員会）とのやり取りや、ボーイング社の責任を巡る政治的駆け引きに対する懐疑的な見方が、のちの陰謀説の土壌となった。構造欠陥や修理ミスの隠蔽工作が疑われたことが、疑念を深める原因となったのだ。
