疑惑が深まる中、世界的に権威ある科学誌Natureに掲載された2本の論文は、2014年7月に正式に撤回された。科学的根拠が破綻した論文が世界最高峰の学術誌に掲載されたプロセスの問題は、STAP細胞論文撤回事件として世界中の研究者に大きなショックを与え、査読（ピアレビュー）制度の限界を白日の下に晒すこととなった。
事態の収束を図るため、理化学研究所は外部の有識者を交えたSTAP研究再現検証プロジェクトを立ち上げ、厳格な監視のもとで再現実験を実施した。小保方氏本人も参加して数ヶ月にわたり行われた検証の結論は、「STAP現象を再現することはできなかった」というものだった。検証チームが提示した最終報告書によって、科学的な決着は完全に打たれることとなったのである。
