『こころ』の物語は、「上：先生と私」「中：両親と私」「下：先生と遺書」の三部で構成されています。多くの人が高校の授業で目にするのは、下巻のクライマックスである「先生」と親友「K」、そして下宿の「お嬢さん（後の先生の妻・静）」を巡る三角関係の場面です。しかし、この作品の真の凄惨さは、物語全体を貫く「裏切りの連鎖」にあります。
青年時代、先生は両親を亡くした際、最も信頼していた実の叔父から財産をごまかされ、強奪同然の裏切りに遭いました。この激しいトラウマから、先生は「人間は誰も信じられない」「自分だけは清廉潔白でありたい」と頑なに心を閉ざします。ところが、下宿先で出会った軍人の遺族である母娘、特にお嬢さんに心惹かれることで、凍りついた感情が溶け始めました。
そこに現れたのが、養家から勘当されて孤立困窮していた幼馴染の親友・Kでした。先生はKを救う善意から、自らの下宿に同居させます。しかし、ストイックに仏道や哲学の「道」を極めようとしていたKが、ある日「自分はお嬢さんに恋をしている」と先生に告白したことで、惨劇の歯車が回り始めます。
先生が取った行動は、対等な対話でも正々堂々の競争でもありませんでした。Kが禁欲的な理想と世俗の情欲の間で苦悩している弱みにつけ込み、かつてK自身が口にしていた信条を逆手にとって「精神的に向上心のないものは、ばかだ」と冷酷に突き放したのです。この痛烈な一撃でKの精神的支柱を粉砕した先生は、Kが動けない隙に、Kに一言も告げず下宿の奥さんへお嬢さんとの結婚を直談判し、承諾を取り付けました。
抜け駆けを知ったKは、取り乱すことも先生を罵倒することもなく、ただ静かに「おめでとう」と告げます。そして数日後の深夜、Kは部屋で頸動脈を剃刀で切り、命を絶ちました。遺書には下宿の人々への感謝と「もっと早く死ぬべきだった」という悔恨が残されていたものの、先生の裏切りを告発する言葉は一行もありませんでした。この「沈黙の赦し」こそが、先生にとって生涯抜け出せない永劫の牢獄となったのです。
先生は念願通りお嬢さんと結婚したものの、自らもまた叔父と同じ「汚濁にまみれた裏切り者」に成り下がった事実に耐えられなくなります。妻にすら真実を打ち明けることができず、毎月Kの墓参りを続けながら、生ける屍として十数年を過ごしました。そして1912年、明治天皇の崩御と乃木希典大将の殉死という時代の転換点を迎えた時、「明治の精神に殉死する」という言葉を遺し、自ら命を断ちました。
