本作の目玉であるルート分岐は、物語開始直後の選択肢で完全に独立した2つの本編へと枝分かれします。無印版の物語をベースにした「創世の女神編」に対し、新ヒロイン・尋香カディシュトたちが関わる「復讐の女神編」は、中盤以降の展開や訪れるマップ、立ちふさがるボスキャラクターが一新されています。
分岐の条件は非常に明快で、ゲーム開始直後のプロローグで「手を取る」を選択すると復讐の女神編へ、「手を取らない」を選択すると従来の創世の女神編へと突入します。初見プレイの方はもちろん、無印版をクリア済みのプレイヤーであっても、まったく先が読めない新シナリオの緊張感を味わうことが可能です。
復讐の女神編では、虐げられた者たちの復讐劇を軸に、人間と悪魔の葛藤がより深くドラマチックに描かれます。特定のクエスト達成状況や選択肢によってエンディング分岐（Law・Chaos・Neutralなど）が変化するため、周回プレイ時にも異なる結末を追いかける楽しみが用意されています。
