基本給だけを見ていては、自衛官の実際の給与明細は見えてこない。額面を大きく跳ね上げる最大の要因は、危険任務や過酷な環境に対して支給される多彩な「特殊勤務手当」の存在だ。
最も高額な手当として知られるのが、海上自衛隊の潜水艦乗務員に支給される「潜水艦手当」である。密閉された暗黒の海中で数ヶ月を過ごす過酷な勤務に対し、基本給の約45.5%相当が上乗せされる。航海手当なども加算されれば、30代中盤の曹クラスであっても手取り月収が50万円を突破するケースは珍しくない。
空も負けてはいない。航空自衛隊の戦闘機パイロットに支給される「航空手当」は、基本給の最大約80%という破格の加算率を誇る。領空侵犯への緊急発進（スクランブル）という極限のプレッシャーに対する正当な対価だ。陸上自衛隊においても、第1空挺団によるパラシュート降下任務や、特殊作戦群の隊員、不発弾処理、国際平和協力活動（PKO）への派遣など、危険度に応じた手当が日額数千円から数万円単位で細かく積み上げられる。
ボーナス（期末・勤勉手当）は年2回、年間でおおむね基本給の4.5ヶ月分前後が支給される。さらに定年退職時には、勤続年数や最終階級に応じて約2,000万〜3,000万円前後の退職手当が一括支給されるなど、金銭的なセーフティネットは手厚く設計されている。
