子宮筋腫の手術費用を左右する最大の要因は「どの術式を選ぶか」だ。治療法は大きく分けて、お腹を切開する開腹手術、体に小さな穴を開けて行う腹腔鏡下手術、そして切らずに音波で筋腫を加熱凝固させる最新の集束超音波治療（FUS/FNA）などに分類される。
一般的に、子宮を残して筋腫だけを取り除く腹腔鏡下子宮筋腫核出術や、子宮ごと摘出する子宮全摘術は、公的保険の適用対象となる。開腹手術の医療費総額は約40万〜60万円、腹腔鏡下手術の場合は技術料や特殊な器具を使用するため総額約50万〜80万円程度が目安だ。患者の窓口負担が3割の場合、実際の支払額は15万〜24万円ほどになる。
一方で、身体への負担が極めて少ないとされるFUS（集束超音波治療）や一部の先進的な切除術は、自由診療（全額自己負担）となるケースが多い。この場合、医療費は40万〜70万円程度が全額自己負担となり、保険適用手術と比べて初期費用が高額になる点は留意しておく必要がある。
